五月初十，李自成在面对顺军大败的结果后，只能在仅剩下的两千多名骑兵保护下，一路疾驰撤回到了通州，而顺军其余的降临也都损失惨重，李过是等到五月十一才撤回到通州，而刘宗敏因为伤重的缘故，一直到五月十二才撤回。
至于李自成的义子李双喜则在突围过程中身受重伤，最终选择自刎而亡，而他麾下的将士们在围困中奖刘宗敏送出了包围，然后便反身冲回了敌阵，挡住了清军进攻的道路。
当李自成撤回到通州的时候，点验剩下的军队时，却不由得吐了一口老血——出征的六万老营将士，回到通州的只剩下不到两万人，且人人身上带伤，混乱疲惫，再无丝毫可战之力。
这一次跟先前攻京城时不同，这一次死得都是老营将士，而当时围攻京城，老营将士也只是伤亡了数千人而已，即便加上追击骑兵的伤亡，满打满算也才四五千人的样子，只能说伤及皮毛，而这一次却是彻彻底底的伤筋动骨。
更关键的是，清军已经开始朝着京城的方向进发，最迟到五月十五的样子就会攻到通州，到时候只怕全军覆没也近在眼前，因此李自成驻下以后，不顾疲惫万分，立即给牛金星送去密谕命他火速准备守城作战。
接下来李自成命令李过整顿兵马，收容溃散的士卒，并且安排了五百骑兵护送刘宗敏、刘体纯等人先行动身会京城，至于通州城的防务，李自成安排养子英侯张鼐据城而守，给他留下了五千士卒，为京师的大顺撤退预留下时间。
至此之后，李自成便开始动身返回京师，他让蕲侯谷可成率领一千骑兵在前面开路，然后安排中军主力大军护送伤兵，最后让李过率领三千骑兵断后，大军虽然军纪依然严整，可是人人身上带伤，面色更是难看无比。
等到进了京城之后，李自成仍然是出京时的装束，身边还放着一柄黄伞，只是此时的李自成面色黧黑，满脸尘垢，而座下的乌龙驹显然连日过分疲劳，瘦骨棱棱，毛色看上去也黯淡无光。
而此时负责留守牛金星也没有想到顺军竟然败得这么快这么惨，他虽然已经大致知道了交战经过，可是依然不敢相信大顺军竟然不是清军的对手。
“陛下，眼下臣已经安排人弹压地面，绝不容许京城人心骚乱，只是那些明廷降臣似乎看出了一些问题，他们这几日一直在密谋串联，似乎有些阴谋举动......”
李自成顿时冷哼一声，他知道那些墙头草们靠不住，当下脸上杀气四溢，道：“朕早就知道，像这样心怀二心之臣根本靠不住，所幸汝侯已经拷掠了一遍，你待会下去挑几个跳得欢的杀了，好好震慑一下这些人！”
“是，陛下。”
李自成微微沉默，还没等他继续说话的时候，宋献策、李岩等人也都到了，他们先是急急忙忙向李自成行礼，继而宋献策便急声道：“适才得到探报，东虏大军已经抵达通州，正在猛攻通州，只怕最迟后天就会抵达京城，如今或走或守，今日必须决定……”
听到这番话后，李自成轻轻叹了一口气，自从在京师登基当了皇帝之后，这段日子堪称是他人生中最为美好也最为志得意满的时间，可是这才过了没多久，他就不得不仓皇逃离京师，实在让他多有不甘。
可即便再不甘心，李自成也不得不接受这样的结果，毕竟蓟州一战已经完全使得李自成从心底认清了当下的局势。
五月十四，军情更加紧急，英侯张鼐已经传递了消息，通州已经坚守不住，因此李自成不断地在武英殿分别召见重要将领，面授机宜。宋献策、李岩一直留在他的身边，随时商议大计。
李岩在这个时候献上了自己的建议，他认为眼下直隶肯定保不住，可以先东守固关，北守大同，保护全晋，如果全晋不可守，那么就退保陕西，重点就在于一定要守住关中，而想要守住关中，潼关、榆林和商洛便是重中之重。
“陛下，可以安排临朐伯去守榆林，此地关系到晋豫二省，责任重大，万一三晋不守，河南万不可失。倘若失去河南，潼关、商洛也都难守。”
听到李岩这一番建议后，李自成微微点头，道：“长安与山西仅仅只是隔着一条黄河，如果要保住关中，山西便万万不可失去。只是朕有些担心，姜瓖此人似乎有些不可靠......”
说到底，姜瓖作为明军降将，同唐通关系也比较好，如今唐通在先前大战中可能已经投降了东虏，那么很可能到时候清廷会安排唐通去劝降姜瓖，到时候姜瓖肯定不会死守大同，而一旦大同叛变，则太原危急，届时想守住榆林也困难，毕竟从大同向西从潢川渡河，不管是进攻榆林，还是南下进攻米脂都很容易。
然而针对这个问题，众人都想不到更好的办法，毕竟姜瓖此辈乃反复小人，根本不值得信赖。
终于，宋献策还是给出了自己的建议，那就是派李过率三千骑兵今夜出发，从居庸关外走宣化去大同，一方面协助姜瓖防守大同，另一方面也是对姜瓖的监视，如果发现姜瓖有投敌迹象，就从偏关往西过河，或守榆林，或守延安，总之要堵住清军过河的想法。
至此，李自成率领大顺文武高层在五月十五上午正式出城，只是在他出了城门之时，心中却不免有些后悔，若是当是听从李岩的建议，先留在长安巩固自身势力，不要急匆匆北伐，恐怕今日也不会出现这般的结果。
只是如今已经没有后悔药可以吃，李自成也只能在心里叹了一口气，率领大军出城而去。
等到五月十六日，清军骑兵已经率先抵达了京城，而此时京师在经过这几次战争磨难之后，再也没有抵御敌军的勇气，京城再一次易手，而这一次跨入京城的人则是从李自成换成了多尔衮。
京城东郊的明廷原来的降臣和士绅们也纷纷出迎，他们神情欢喜地望着前来的清军，只觉得好时代来临了。