| 第1章 新东京中学 | 第2章 使徒来袭 | 第3章 力战水天使 | 第4章 非你不可 |
| 第5章 零号机暴走 | 第6章 伤愈 | 第7章 为何而战的意志 | 第8章 模拟实战训练 |
| 第9章 请假一天 | 第10章 第四使徒 夏姆谢尔 | 第11章 你我是同样的人啊 | 第12章 碇真嗣的心结 |
| 第12章 凌波的内心 三号机暴走 | 第13章 第十三使徒BADIR | 第14章 黑耶稣 | 第15章 雷天使 真嗣首战告负 |
| 第16章 会战 | 第17章 校园日常 | 第18章 修川泽の生日？ | 第19章 体能训练 |
| 第20章 噩梦 | 第21章 式波·明日香·兰格雷 | 第22章 虐杀鱼天使 | 第23章 修川，你到底去哪了？ |
| 第24章 握剑之手，难挽落花 | 第25章 丢失的感情 | 第26章 归来——我来驾驶！ | 第27章 刀锋所向 便是真理 |
| 第28章 休息日 | 第29章 休息日（二） | 第30章 新式武器 | 第31章 夏日祭の演唱 |
| 第32章 明日香的心结 | 第33章 第九使徒 | 第34章 听说过从天而降的那一招吗 | 第35章 莉莉丝的契约 |
| 第36章 接受调查 | 第37章 绯村源政 |